洗瓶機清洗方法從簡單的毛刷清洗、扭道式清洗、箱式清洗、直線式清洗逐步演變到采用立式旋轉式清洗，這個變化過程，是制藥行業不斷提升、對清洗效果要求逐漸提高所致。
洗瓶機清洗工藝基本采用水、氣交替方式，在對西林瓶的微粒清洗有限度要求時，其工藝是做了預定用途考慮的；針對性的對水、氣間隔噴洗和交替進行了設計；已經提供給、國內藥廠洗瓶機已經有這方面的功能，比如第二清洗工位的水直接單獨采用注射用水降級水過濾后使用，配套為雙水箱，提高第二清洗工位的清洗和稀釋介質的質量。
清洗效果的要求逐步提高，從基本的微粒去除要求，提高到水分控制；包括對微粒粒徑、微生物負荷提出更高要求。
洗瓶機清洗過程中對玻璃容器表面減少或無劃痕也提出了要求，瓶夾結構和材質的使用、出瓶輸送方式的革新有了更合理的設計，同時也擴大了清洗的覆蓋面積。
不同用途的注射劑，清洗效果要求不同。目前，清洗介質基本都是純化水、注射用水、凈化壓縮空氣、超聲波；對于超聲波，國外使用非常謹慎，很少用到。
清洗溫度是洗瓶機清洗效果保證的重要因素。
清洗方法和清洗效果的驗證內容，目前沒有統一方式，而達到清洗效果的參數，有各自的標準。在系統控制方面，把經過驗證的關鍵工藝參數作為清洗配方貫穿整個清洗過程中；其相關的關鍵部件、關鍵工藝參數，清洗介質的壓力和溫度，清洗速度，清洗報警偏差處理的控制等都是清洗效果保證的重要因素。
指南里有關于清洗工藝需要關注以下污染物并對其進行控制的描述。
微生物污染水平：活菌數量（CFU =菌落形成單位）。
內毒素：因為微生物生長和降解產生的致熱物質。
微粒：一般來自于容器生產、包裝以及運輸過程的固體微粒物質（如玻璃碎片）。
化學污染物：例如，用于表面處理后殘余的化學物質。
清洗效果重點考慮的因素：
清洗管路、閥門控制、清洗介質壓力、介質溫度、介質質量、介質類型、介質清洗次數。
清洗效果驗證的內容很多，基本會做水氣覆蓋測試，化學污染物測試，指南和藥企都會有微?？刂平ㄗh和要求；為了達到苛刻的清洗要求，往往會在清洗效果驗證時增加一些挑戰性內容的測試，比如：標準粒子的挑戰性測試、內毒素下降的挑戰性測試，測試會在PQ文件中實施。重要的是：測試方法要與其測試意圖一致是清洗效果驗證的關鍵。
